人类基因组草图再添细节 X染色体被无死角解码
人类基因组草图再添细节 X染色体被无死角解码
本报记者 张 晔
这是基因测序技术的一小步，却有可能是人类基因工程学发展的一大步。
近日，美国国立卫生研究院（NIH）人类基因组研究所（NHGRI）的研究人员宣布，终于获得了人类X染色体的完整、无间隙、端对端的序列信息。
这一突破性发现公布在《自然》杂志上，这表明有可能生成一个人类染色体的精确碱基序列，产生人类基因组的完整序列。NHGRI主任、医学博士埃里克·格林说：“这项成就开启了基因组学研究的新纪元。”
耗资30亿美元、于1990年启动的人类基因组计划，经过十年努力，在2000年绘制出首个人类基因组工作草图。这是有史以来最准确、最完整的脊椎动物基因组序列。
但是，承载人类遗传密码的“密卷”并未被百分之百地破译，仍然存在大量未知的缺口。这些缺口为什么迟迟不能补上？这次帮助科学家获得X染色体完整序列的是什么基因测序技术？剩余的基因序列空白，能够顺利补上吗？
给人类基因组测序就像在拼图
如果你家里有小朋友，或者你就是一个拼图爱好者，挑战更多片数、更大画幅的拼图一定是你追逐的目标。
但是，你想过吗，有一群不同国别的科学家也在挑战一幅巨大的拼图，而这幅“拼图”可能包含的碎片高达数十亿片。这幅巨大的“拼图”实际上就是全球许多机构和科学家多年来一直在努力完成的作品，也就是人类基因组图谱。
DNA（脱氧核糖核酸）片段储存着生命的种族、血型及孕育、生长、凋亡等过程的全部信息。生物体的生、长、衰、病、老、死等一切生命现象都与DNA有关。
人类基因组非常长，包含约30亿个碱基对。通过定位这些碱基对在DNA链上的准确位置，进而识别分析出各种基因及其功能，将使人类最终征服癌症、心脏病、阿尔茨海默症等多种顽疾。
需要说明的是，人类基因组并非对某一个人进行测序研究。人类的基因大体相似，无论你是男是女，黄皮肤还是蓝眼睛。但是，每个人都有自己的基因组“副本”，而且每个“副本”都略有不同。
因此，在基因组研究中，通常会采用“参考基因组”的概念。参考基因组是一个由科学家组装的核酸序列数据库，作为物种的一个基因组参考模版。
基因组参考联盟（GRC）负责对参考基因组进行不定期更新。但目前参考基因组仍然不完整，其中的DNA序列存在许多缺口等待着填补。
“由于人类基因组太长了，目前任何测序技术都无法一次性读取所有的序列信息。因此，科学家只能把基因组打碎成一个个小片段进行测序，最后再组装起来。”南京医科大学生物信息学系主任汪强虎教授说，在外人看来，这些科学家所做的工作就像是在“拼图”。
在这幅“拼图”中，有许多重复的序列。由于测序技术只能完成短片段读取，重复序列就会导致许多看起来几乎完全相同的短片段出现。“这就好比拼图中的蓝天、草原，其中的每一小块都是蓝色或绿色，但又没有线索告诉我们这些片段如何拼接在一起。”汪强虎说，这就带来了许多缺口。
首先攻下的为何是特殊的X染色体
众所周知，人的细胞中有一个细胞核，细胞核的遗传物质在23对染色体上，其中有一对是性染色体。如果是女性，这对性染色体就是XX，但如果是男性，就是XY。而每个人的性染色体一半来自父亲一半来自母亲。
“科学家选择X染色体进行补缺测序是有原因的。”汪强虎说，X染色体在23对染色体中长度中等，但是又包含许多遗传信息，一旦能将X染色体完整测序，也将为今后其他染色体的完整测序提供参考。
“这并非说Y染色体就不重要。”汪强虎说，Y染色体有27个特别的编码基因，是X染色体没有的，从这点看，男孩要比女孩多27个来自爸爸的编码基因。
今年2月告破的28年前南京医科大学女学生遇害案件，就是依靠Y-STR家系排查技术，先通过Y染色体分析找到家族，再通过采集嫌疑人家族中11名男性口腔拭子并进行DAN比对，确认罪犯。
“Y染色体为男性特有，只能来自于父亲的遗传，有点类似古人说的‘一脉相承’。”汪强虎告诉记者，就是爷爷传给父亲，父亲传给儿子。因此，一个家族里只要对一位男性的Y染色体进行了检测，也就基本知道这个家族里其他男性的Y染色体什么样。
女性会继承两条X染色体，一条来自母亲，一条来自父亲。但是，这两条X染色体并不相同，它们的DNA序列包含许多差异。
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